A Doktori Iskola célja az, hogy a nemzetközi összefüggésekben elhelyezett XVIII-XX. századi magyar   történelem társadalom-, politika- és hadtörténeti témaköreiben szakszerű képzést nyújtson. Ez a  határozott szakmai irányvonal és tudományos célkitűzés megerősíti az egyetem - küldetésnyilatkozatában is megfogalmazott - értékrendjét: a képzés kellő hangsúlyt szán a magyarországi  protestantizmus történeti kontextusokban értelmezett örökségére. A Doktori Iskola oktatási és kutatási  programja olyan kutatók, tudóstanárok számára készült, akik a történetírás elvi, elméleti kérdéseivel, valamint az elmélyült (írott és audiovizuális) forráskutatás különböző módszereivel is tisztában vannak. A doktorandusz hallgatók a kurzus végén önálló kutatásra is képesek lesznek. Az ehhez szükséges ismeretek és alapkészségek elsajátítása olyan általános és speciális historiográfiai és forráselemzésiprogramra épül, amelyben a történetkutatás kvalitatív és kvantitatív elemzési szempontjai, az egyéni életpályák és kollektív társadalmi csoportok jellemzői egyaránt hangsúlyt kapnak.